Zacznijmy więc od najprostszych – skanerów ręcznych. Ich obsługa polega na przeciąganiu czytnikiem nad wprowadzanym dokumentem. Szerokość skanowanego pola z reguły nie przekracza 10 cm, toteż urządzenia te nadają się jedynie do najprostszych, amatorskich zastosowań. Można za ich pomocą wczytać do programu graficznego zdjęcie standardowego formatu, lecz większe może już sprawić problemy. Oprogramowanie takich maszynek przeważnie umożliwia “sklejanie” z kilku pasków stron większego formatu, nawet A4. Trzeba jednak wyraźnie powiedzieć, że jakość otrzymywanych w ten sposób obrazów pozostawia wiele do życzenia. Wynika to głównie ze specyfiki pracy – czytnik jest prowadzony ręcznie. Każde drgnięcie ręki bądź nieregularne przesuwanie urządzenia powoduje zauważalne, trudne do usunięcia skazy na wynikowym obrazku, dodatkowo utrudniające sklejanie z nich większych dokumentów. W związku z tym ręczne urządzenia skanujące niezbyt nadają się również do wczytywania tekstów. Niezaprzeczalną zaletą skanerów ręcznych była jeszcze niedawno ich przystępna cena. Dziś jednak skanery płaskie stały się w zasadzie równie tanie, a to poważnie zmniejsza atrakcyjność tych pierwszych.
Sposób pracy skanerów płaskich jest zasadniczo odmienny: cały dokument układa się w łożu urządzenia, po czym precyzyjny mechanizm przesuwa układ optyczny pod powierzchnią dokumentu. Obraz jest dzięki temu skanowany równomiernie na całej powierzchni (zwykle co najmniej A4), bez deformacji i szarpnięć, a przy okazji – znacznie szybciej. Trudno może w taki sposób wczytać do komputera obraz etykiety butelki (co umożliwiają skanery ręczne), ale z punktu widzenia najpopularniejszych zastosowań – wczytywania zdjęć i dokumentów tekstowych – jest to metoda optymalna.
Skanery można też podzielić według sposobu komunikacji na urządzenia SCSI oraz przesyłające dane przez port równoległy. Te ostatnie są zwykle nieco wolniejsze, lecz za to wyraźnie tańsze.
