Nowy sekwencer genów zmniejszy koszty badań

System Ion Proton firmy Life Technologies ułatwia naukowcom i technikom medycznym sekwencjonowanie genomów.

Sekwencer Ion Proton firmy Life Technologies

Sekwencer Ion Proton firmy Life Technologies

Procesory graficzne Nvidia Tesla umożliwiły stworzenie systemu Ion Proton firmy Life Technologies Corporation, zapewniając ponad szesnastokrotne przyspieszenie obliczeń generujących pary DNA służących do analizy sekwencji genomu. System Ion Proton znacznie zmniejszy koszt sekwencjonowania genomu, który jeszcze 10 lat temu wynosił miliard dolarów za jedno badanie, a już niedługo będzie mniejszy niż 1000 USD.

„Dzięki akceleracji z wykorzystaniem procesorów graficznych i zaawansowanych funkcji systemu Ion Proton, każde laboratorium na świecie otrzyma możliwość szybkiego i łatwego sekwencjonowania genomów”, powiedział Alan Williams, wiceprezes ds. oprogramowania i inżynierii w jednostce Ion Torrent firmy Life Technologies Corporation. „Spodziewamy się, że demokratyzacja sekwencjonowania genomów przyniesie niespotykaną dotychczas falę innowacyjnych rozwiązań w różnych dziedzinach nauk przyrodniczych i zaawansowanych badaniach klinicznych”.

System Ion Proton wykorzystuje zaawansowany sekwencer Ion Personal Genome Machine (PGM) firmy Life Technologies, który cechuje się wysoką przepustowością, dokładnością i krótkim czasem odczytu. Usprawnienia te osiągnięto dzięki procesorom graficznym, które przyspieszają proces analizy. Dzięki swojej szybkości działania sekwencer Ion PGM był pierwszym systemem, który zdekodował genom śmiertelnej

bakterii E. coli będącej przyczyną epidemii w Niemczech w 2011 roku

System Ion Proton wyznacza nowe standardy w zakresie wydajności, łatwości użytkowania i kosztów pracy, umożliwiając płynne przejście z multipleksowego sekwencjonowania próbek do sekwencjonowania genomu w obrębie jednej platformy. Pięciokrotne zmniejszenie kosztów obsługi systemów sekwencjonowania genomu pozwoli zaoszczędzić naukowcom setki tysięcy dolarów.

„Przyspieszenie obliczeń dzięki zastosowaniu procesorów graficznych stosuje się powszechnie we wszelkich dziedzinach nauk przyrodniczych, co umożliwia osiąganie nowych odkryć naukowych”, powiedział Sumit Gupta, dyrektor generalny jednostki ds. produktów Tesla w firmie Nvidia. „Procesory graficzne znacznie przyspieszyły tempo rozwoju nauki w każdej dziedzinie – od sekwencjonowania danych, przez analizę sekwencji po modelowanie molekularne i obrazowanie diagnostyczne”.