Naukowcy z UIUC poznali szczegóły struktury kapsydu dzięki pierwszej molekularnej symulacji wirusa HIV, uruchomionej na Superkomputerze Blue Waters. Maszyna ta bazuje na platformie Cray XK7 i jest wyposażona w 3000akceleratorów graficznych Tesla K20X. Jego moc pozwoliła naukowcom na uruchomienie największej symulacji w historii badań naukowych, obejmującej aż 64 miliony molekuł.
Dzięki planowanemu zwiększeniu liczby akceleratorów graficznych w superkomputerze Blue Waters, naukowcy z UIUC planują wydłużenie czasu symulacji, aby uzyskać lepszy wgląd w strukturę oraz zachowanie kapsydu HIV. Prace nad kapsydem stały się ważnym celem dla opracowania nowych leków antyretrowirusowych, szczególnie w świetle informacji, że małpy rezusy wykształciły odporność na wirusa HIV dzięki białku, które zakłóca działanie tego kapsydu.
Kapsyd to białkowa osłona wirusa, która zawiera jego materiał genetyczny. Chroni ona i “przemyca” ten materiał do ludzkich komórek. Po przedostaniu się do środka, materiał jest wypuszczany na zewnątrz. Tak rozpoczyna się infekcja.
Do tej pory nie utworzono jeszcze leków, których celem byłby kapsyd wirusa HIV. Jednak zdobyte informacje o strukturze kapsydu wirusa HIV dają farmakologom możliwość stworzenia nowych i bardziej skutecznych leków zwalczających HIV.