Mowa o zespole doktora Takemury z Tokyo University of Science, który z powodzeniem wyizolował nowy szczep bakterii z grupy kandydackiej, Candidatus phylum Dependentiae. Próbki pobrane z uniwersyteckiego stawu przeżyły transport do laboratorium, gdzie aktualnie czują się bardzo dobrze. O ile bakterie w ogóle mogą czuć się dobrze.
Rozwój dziedziny metagenomiki – badania materiału genetycznego z próbek środowiskowych – zrewolucjonizował sposób, w jaki obserwujemy i odkrywamy nowe gatunki. Wiele bakterii nie może być samodzielnie hodowanych w laboratorium.
Czasami jest to spowodowane nieodpowiednim podłożem, czasem tym, że niektóre gatunki rozwijają się tylko i wyłącznie w społecznościach wielogatunkowych (nasz mikrobiom jest tego świetnym przykładem), a czasem dzieje się tak, że niektóre bakterie są ściśle związane z organizmem swojego żywiciela. Tak jak w przypadku Candidatus phylum Dependentiae.
Nowy szczep bakterii znaleziony w stawie
Na początku pobraliśmy próbki z parku Risoukai w kampusie Noda w TUS w celu wyizolowania gigantycznego wirusa poprzez badanie go przy użyciu gospodarza laboratoryjnego ‘Vermamoeba vermiformis’. Jednak w trakcie tego procesu przypadkowo odkryliśmy tę rzadką bakterię, która również zakaża Vermamoeba
Aby wyizolować nowy szczep, dr Takemura najpierw wyhodował próbkę uzyskaną ze stawu w parku Risoukai, a następnie dodał ją do kultury Vermamoeba. Po kilkudniowej hodowli, kultura bakteryjna była gotowa do badań.
Czytaj również: Bakteria produkuje najsilniejszy naturalny klej. Właśnie doczekał się ważnego usprawnienia
Odkryliśmy, że szczep Noda2021 składa się z 1 222 284 par zasad z około 38,3% zawartością guaniny i cytozyny (GC) oraz 1287 genów. Następnie przeprowadziliśmy molekularną analizę filogenetyczną 16S rRNA szczepu i stwierdziliśmy, że jest on stosunkowo zbliżony do jednego z pozostałych wyizolowanych do tej pory szczepów Candidatus phylum Dependentiae, „Vermiphilus pyriformis”– wyjaśnia dr Takemura.
Izolacja tego nowego szczepu Candidatus phylum Dependentiae z pewnością pogłębi nasze zrozumienie tej ciekawej grupy bakterii. Według dr Takemury:
Ta bakteria znajduje się na pograniczu gigantycznych wirusów i mikrobakterii, więc spodziewamy się, że dostarczy użytecznych i unikalnych informacji na temat pochodzenia i pozycji ekologicznej obu tych grup.
